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Secuenciación de nanoporos del virus de la peste porcina africana


La peste porcina africana (PPA) es una de las enfermedades virales más patógenas en los cerdos causada por el virus de la peste porcina africana (PPA). 


por Science China Press


La tasa de mortalidad es casi del 100%, lo que trae enormes pérdidas económicas a la industria porcina en países con epidemias. China fue el primer país asiático en tener una epidemia de PPA, y se extendió rápidamente por todo el país después de que se informara la primera epidemia en agosto de 2018. Después de eso, Mongolia, Vietnam, Camboya y Corea del Norte también informaron sobre la epidemia de PPA en sucesión.

El virus de la peste porcina africana es miembro de la familia Asfarviridae y es el único virus de ADN conocido que puede transmitirse por garrapatas. El virión tiene 175-215 nm de diámetro y es icosaédrico simétrico con una envoltura, y el genoma encerrado en él es un ADN lineal bicatenario con un tamaño de 170-190 kb. En los cerdos, el ASFV puede replicarse en el citoplasma de una variedad de células, especialmente las células reticuloendoteliales y los macrófagos mononucleares. Dado que el genoma del virus de la peste porcina africana es muy complejo y que la información completa del genoma es actualmente inadecuada, es importante obtener de manera eficiente la secuencia del genoma del virus para estudios genómicos y epidemiológicos.

«Primero usamos la plataforma de nanoporos para secuenciar directamente muestras clínicas de cerdos infectados con ASFV, y exploramos la posibilidad de que TGS adquiera genomas virales grandes como el ASFV». dijo la Dra. Lijia Jia, la primera autora de este trabajo. Los resultados de esta investigación indicaron que la tecnología Nanopore puede obtener el genoma ASFV más rápido que la secuenciación de la próxima generación «. En cuanto al tiempo de trabajo, la preparación de la biblioteca NGS y la secuenciación en la máquina tomó significativamente más tiempo que el TGS. El Hiseq X10 produce 100 Gb datos de más de 76 horas, mientras que el tiempo de preparación de la biblioteca de nanoporos y el tiempo para generar datos de 100 Gb en el secuenciador promethION suma menos de 24 horas «, dijo Jia. La ventaja de la secuenciación de nanoporos es el rápido logro del genoma del patógeno, y la ventaja de NGS es la precisión de la secuenciación.

Secuenciación de nanoporos del virus de la peste porcina africana
Secuenciación de nanoporos de CAS19-01. Los datos generados por secuenciación de nanoporos fueron evaluados y contados. Crédito: © Science China Press

Aunque los datos actuales sugieren que el brote de peste porcina africana en China parecía una fuente única, nuestros resultados muestran que todavía hay 6-93 variaciones en el genoma de los aislamientos de ASFV en diferentes provincias y ciudades. Como un gran virus de ADN bicatenario , el ASFV tiene un genoma relativamente conservador y su variación natural es muy lenta, pero puede acelerarse mediante la interacción con el huésped y la estimulación de factores ambientales. En este contexto, es necesario promover la secuenciación del genoma completo de los ASFV en diferentes regiones, lo que puede proporcionarnos información de variación más significativa y puede desempeñar un papel importante en el restablecimiento de la ruta de transmisión del ASFV «, dijo el profesor Di Liu, el co -Autor correspondiente.

Estos resultados alentadores confirman la utilidad de la secuenciación de ONT como un método de secuenciación directa no cultivada para genomas de ASFV de tejido clínico positivo para PCR. La secuenciación en tiempo real de todo el genoma de la cepa del brote proporciona una línea de base para el seguimiento epidemiológico posterior y los estudios evolutivos.


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