Un mapeo ampliado del genoma del hongo que causa la mancha foliar causada por septoria podría conducir a mejores estrategias de control.
Un equipo internacional de científicos, incluidos investigadores de Rothamsted Research en el Reino Unido, ha desarrollado un nuevo método para mapear con mayor precisión los genes en organismos complejos: un avance que podría mejorar la investigación sobre enfermedades fúngicas que afectan a cultivos como el trigo.
Utilizando una herramienta bioinformática de última generación, los investigadores volvieron a anotar el genoma de Zymoseptoria tritici , el principal patógeno fúngico que causa la mancha foliar causada por septoria, una enfermedad que provoca pérdidas significativas en los rendimientos de trigo en toda Europa.
Los resultados del estudio revelaron deficiencias significativas de los análisis genéticos anteriores y proporcionaron una comprensión más precisa de la estructura genética del hongo.
Hasta ahora, predecir genes en organismos complejos ha sido una tarea difícil, incluso con la disponibilidad de grandes cantidades de datos genéticos.
Los intentos anteriores de mapear los genes de Z. tritici han arrojado resultados contradictorios: se identificaron entre 10.900 y 13.200 genes en diferentes estudios, pero solo un tercio de estos resultados fueron consistentes en diferentes conjuntos de datos.
Para abordar este problema, el equipo de investigación desarrolló InGenAnnot, una herramienta que combina métodos de predicción de múltiples genes con datos biológicos reales obtenidos de secuencias de ARN de hongos.
El análisis actualizado identificó 13.414 genes de alta confianza, mejorando la precisión de estudios anteriores y arrojando nueva luz sobre cómo el hongo regula sus genes.
Un equipo dirigido por científicos franceses del instituto de investigación agrícola INRAE comparó cuatro conjuntos de datos de predicción genética diferentes para la misma cepa de Septoria , cada uno creado independientemente por investigadores de los Países Bajos, Alemania, Estados Unidos, Australia y el Reino Unido (Rothamsted Research).
El Dr. Jason Rudd, quien dirigió el trabajo de Rothamsted en el estudio, dijo: «Aunque se encontraron muchas diferencias, al analizar cada gen en detalle pudimos formar un consenso sobre la estructura más precisa de cada uno, así como identificar genes previamente ocultos y variantes estructurales de genes».
Esto ha llevado al lanzamiento de un «estándar de oro»: un recurso de referencia comunitario abierto sobre este importante hongo que acelerará la investigación para identificar vulnerabilidades explotables en el patógeno.
El estudio también proporcionó nuevos conocimientos sobre la estructura y la expresión de los genes del patógeno, en particular en áreas que influyen en el momento y el modo de su activación. Esto podría ayudar a los científicos a comprender mejor cómo el hongo se adapta a las diferentes condiciones ambientales del trigo, lo que podría allanar el camino para el desarrollo de estrategias de control de enfermedades más eficaces.
El mapeo preciso del genoma es un paso crucial en la lucha contra las enfermedades fúngicas, que se están convirtiendo en una amenaza cada vez más grave para la seguridad alimentaria mundial. Al mejorar los métodos de predicción genética, esperamos mejorar nuestra capacidad para monitorear y controlar estos patógenos antes de que causen mayores daños a los cultivos, afirmó el Dr. Rudd.
Fuente: Rothamsted Research.
