Un equipo internacional de científicos, incluyendo a Rothamsted Research, ha desarrollado un nuevo método para mejorar la precisión del mapeo genético en organismos complejos, un avance que podría impulsar la investigación sobre enfermedades fúngicas que afectan a cultivos como el trigo.
El artículo se publica en la revista Molecular Plant-Microbe Interactions .
Utilizando una herramienta bioinformática avanzada, investigadores han reanotado el genoma de Zymoseptoria tritici, un importante patógeno fúngico responsable de la septoriosis foliar, una enfermedad que causa pérdidas significativas en la producción de trigo en toda Europa. Sus hallazgos ponen de manifiesto importantes deficiencias en análisis genéticos previos y ofrecen una visión más precisa de la estructura genética del hongo .
Hasta ahora, predecir genes en organismos complejos ha sido un desafío, incluso con la gran cantidad de datos genéticos disponibles. Los esfuerzos previos para mapear los genes de Z. tritici arrojaron resultados inconsistentes: diferentes estudios identificaron entre 10 900 y 13 200 genes, pero solo un tercio de estos hallazgos coincidieron en los distintos conjuntos de datos.
Para abordar esto, el equipo de investigación desarrolló InGenAnnot, una herramienta que combina múltiples métodos de predicción genética con evidencia biológica real de secuencias de ARN fúngico. El análisis actualizado identificó 13.414 genes de alta confianza, mejorando la precisión de investigaciones previas y arrojando nueva luz sobre cómo el hongo regula sus genes.
El equipo, dirigido por científicos franceses del INRAE, comparó cuatro conjuntos de datos de predicción genética diferentes para la misma cepa de Septoria, cada uno generado independientemente por investigadores de los Países Bajos, Alemania, Estados Unidos, Australia y el Reino Unido (Rothamsted Research).
El Dr. Jason Rudd, quien dirigió la contribución de Rothamsted al estudio, afirmó: «Si bien se observaron muchas diferencias, al analizar cada gen en detalle, pudimos llegar a un consenso sobre la estructura más precisa de cada uno de ellos, así como identificar genes previamente ocultos y variantes genéticas estructurales».
Esto ha dado lugar a la publicación de un recurso de referencia comunitario abierto «estándar de oro» para este importante hongo, que acelerará los esfuerzos de investigación para identificar debilidades explotables en el patógeno.
El estudio también reveló nuevos conocimientos sobre la estructura y expresión de los genes del patógeno, en particular en las regiones que influyen en el momento y la forma de su activación. Esto podría ayudar a los científicos a comprender mejor cómo se adapta el hongo del trigo a diferentes entornos , lo que podría allanar el camino para estrategias de control de enfermedades más eficaces.
«El mapeo preciso del genoma es un paso crucial para combatir las enfermedades fúngicas , que se están convirtiendo en una amenaza creciente para la seguridad alimentaria mundial «, afirmó el Dr. Rudd. «Al perfeccionar las técnicas de predicción genética, esperamos mejorar nuestra capacidad para monitorear y combatir estos patógenos antes de que causen mayores daños a los cultivos».
Más información: Nicolas Lapalu et al., Anotación genética mejorada del patógeno fúngico del trigo Zymoseptoria tritici basada en evidencia combinada de iso-Seq y ARN-Seq, Interacciones moleculares entre plantas y microbios (2025). DOI: 10.1094/mpmi-07-25-0077-ta
