Hasta la fecha, la mayoría de las asociaciones de marcadores y rasgos se han revelado mediante QTL y estudios de asociación de todo el genoma (GWAS), lo que demuestra tanto sus éxitos como sus limitaciones.
por la Universidad Agrícola de Nanjing
Los haplotipos son las combinaciones particulares de alelos/marcadores observados en un segmento cromosómico en una población dada, y permiten probar múltiples efectos de interacción alélica. Los haplotipos también pueden aumentar el poder estadístico de GWAS al reducir la cantidad de pruebas en comparación con el uso de todos los SNP. Es más probable que los alelos dentro del mismo bloque de haplotipo se hereden juntos, mientras comparten una frecuencia de alelo menor (MAF) similar. Los análisis basados en haplotipos examinan grupos de SNP simultáneamente en lugar de SNP individuales, lo que aumenta el poder de detección estadística para muchos aspectos tanto de la población como de la genética cuantitativa. incluyendo la identificación de señales de selección positiva reciente y la realización de GWAS, respectivamente. El mapeo de asociación de haplotipos tiene en cuenta no solo la heterogeneidad alélica sino también las posibles interacciones estadísticas entre marcadores cercanos, lo que lo hace más poderoso que el análisis de marcador único y marcador múltiple.
Recientemente, científicos del INRA Centre de Recherche PACA en Francia utilizaron un enfoque innovador para comprender mejor la arquitectura genética de los rasgos de calidad del fruto del tomate y probar el potencial de los enfoques basados en haplotipos para estudios de asociación y predicción genómica. Se estudió y genotipificó una colección central de accesiones de tomate con marcadores SNP. La arquitectura de haplotipos del genoma del tomate se describió y usó para (1) profundizar nuestra comprensión de su reciente historia de reproducción, (2) probar el potencial de los haplotipos para la detección de nuevas regiones QTL candidatas y (3) predecir fenotipos en el contexto de selección genómica. Se realizaron varios análisis basados en haplotipos para demostrar los múltiples beneficios del uso de haplotipos en análisis genéticos. Esta investigación fue publicada en Horticulture Research.
«Demostramos los beneficios de los haplotipos frente a los SNP en muchos aspectos, incluida la identificación de asociaciones marcador-rasgo, la revelación de los patrones de bifurcación de haplotipos cerca de los SNP asociados de forma más significativa, la explicación de una mayor heredabilidad faltante y el aumento de la precisión de la predicción genómica», dijo el profesor Causse. Estos resultados sin duda serán útiles para los mejoradores e investigadores que se centren no solo en los tomates sino también en otros cultivos agronómicos.
